Deux ans et demi se sont écoulés depuis que Naruto est parti suivre son entraînement en compagnie de Jiraya. Il revient de son voyage à l'âge de 16 ans.
À son retour, une terrible menace pèse sur Konoha et sur le monde ninja… Se sentant plus fort, Naruto partira également à la recherche de son ami et rival Sasuke avec l'aide de Sakura.
Lors de son périple, il aura à affronter une puissante organisation nommée Akatsuki. Durant son aventure, Naruto créera de nouvelles techniques ...